Der einmal im Semester stattfindende Bundeskongress ist das höchste Entscheidungsgremium von Die Linke.SDS. Hier kommen Delegierte aus allen Hochschulgruppen zusammen, um über die politische Richtung des Bundesverbands zu entscheiden und u.a. Bundesvorstand und Geschäftsführung zu wählen. Alle Hochschulgruppen können zwei Delegierte zum Bundeskongress schicken.